Образован на территориях Алматинской и Восточно-Казахстанской областей (Урджарский район). Заповедник создан с целью сохранения дельты реки Тентек, берущей начало в Джунгарском Алатау и островов оз. Алаколь — Большого, Среднего, Каменного. Сам заповедник находится в Алакольском и Урджарском районах Алматинской и Восточно-Казахстанской областей Казахстана. Появился заповедник на вышеозначенных землях благодаря постановлению Правительства Республики Казахстан от 21 апреля 1998 г., которое государственный заказник Реликтовая чайка превратило в государственный природный заповедник Алакольский. В 1998 году площадь заповедника составляла 12 520 гектаров, немного позже её увеличили до 19 713 гектаров.
Само озеро Алаколь поистине уникально. Оно находится на высоте 347 метров над уровнем моря. Длина озера равняется 104 км, а ширина — 52 км, максимальная глубина – 54 м , а средняя — 21 м. Берега озера стали скопищем чёрной лечебной гальки. Состав воды озера Алаколь очень близок к морской, главным образом благодаря тому, что в его входит сульфат-хлорид натрия. Минерализация воды от 1,2 до 11,6 г/кг, причём минерализация увеличивается вместе с глубиной. Центральная зона озера состоит из трёх островов, которые и являются охранной зоной. Здесь скрещиваются все важные миграционные маршруты птиц, которые держат путь с африканских и индийских островов.
Охране подлежит водно-болотный комплекс этой территории с гнездовьями и колониями многочисленных видов веслоногих, пластинчатоклювых, поганок, чаек, крачек. Особое внимание уделяется охране гнездовий кудрявого и розового пеликанов, черноголового хохотуна, колпицы, лебедя-кликуна, савки, журавля-красавки, орлана-белохвоста — видов птиц, внесенных в Красную книгу Казахстана.
Уникальность озера Алаколь заключена в том, что на его островах расположены гнездовые колонии реликтовой чайки, редчайшего вида, внесенного в Красную книгу Международного союза охраны природы.
На озере во время массовых сезонных миграций для отдыха и кормежки скапливается до 5 млн. птиц, в охране которых заповедник также играет важнейшую роль.